舒爾金娜與哈佛大學(xué)生物學(xué)家 Sean Eddy 在《eLife》雜志的一篇新論文中描述了一種全新電腦程序，可以讀取任何基因組序列并破譯其遺傳密碼。這個(gè)名為 Codetta 的程序有可能幫助科學(xué)家擴大對遺傳密碼如何演變的理解，并正確解釋新測序生物體的遺傳密碼。

　　遺傳密碼是一套規則，告訴細胞如何將核苷酸的三個(gè)字母組合解釋為蛋白質(zhì)，通常被稱(chēng)為生命的組成部分。幾乎每個(gè)生物體，從大腸桿菌到人類(lèi)，都使用相同的遺傳密碼。這就是為什么該代碼曾經(jīng)被認為是一成不變的。但是科學(xué)家們已經(jīng)發(fā)現了少數離群索居的生物體，即使用替代性遺傳密碼的生物體存在著(zhù)一套不同的指令。

　　這就是 Codetta 可以大顯身手的地方。該程序可以幫助識別更多使用這些替代性遺傳密碼的生物體，幫助揭示遺傳密碼甚至發(fā)生變化的新線(xiàn)索。目前，Codetta 已經(jīng)分析了超過(guò) 25 萬(wàn)個(gè)細菌和其他被稱(chēng)為古細菌的單細胞生物基因組序列，以尋找替代的遺傳密碼，并且已經(jīng)發(fā)現了五種從未見(jiàn)過(guò)的情況。在所有五個(gè)案例中，氨基酸精氨酸的代碼被重新分配到一個(gè)不同的氨基酸上。據信這標志著(zhù)科學(xué)家首次在細菌中看到這種交換，并可能暗示改變遺傳密碼的進(jìn)化力量。

　　研究人員說(shuō)，這項研究標志著(zhù)對替代遺傳密碼的最大篩選。Codetta 基本上分析了所有可獲得的細菌和古細菌的基因組。該程序的名稱(chēng)是密碼子和羅塞塔石碑之間的交叉，羅塞塔石碑是一塊刻有三種語(yǔ)言的石板，密碼子是由三個(gè)核苷酸組成的，構成了遺傳密碼的一部分。

　　舒爾金娜在過(guò)去五年中發(fā)展了 Codetta 背后的統計理論，編寫(xiě)程序，測試它，然后分析基因組。它的工作原理是讀取生物體的基因組，然后利用已知的蛋白質(zhì)數據庫來(lái)產(chǎn)生一個(gè)可能的遺傳密碼。它與其他類(lèi)似方法不同，因為它可以分析基因組的規模。舒爾金娜在 2016 年加入了艾迪的實(shí)驗室，該實(shí)驗室專(zhuān)門(mén)從事基因組的比較，在她設計的解讀遺傳密碼的算法上向他尋求建議。

　　到目前為止，還沒(méi)有人對替代性遺傳密碼做如此廣泛的調查。該系統有可能被用來(lái)確保存放蛋白質(zhì)序列許多數據庫的準確性。研究人員說(shuō)，這項工作的下一步是利用 Codetta 搜索病毒、真核生物以及線(xiàn)粒體和葉綠體等有機體基因組中的替代編碼。
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